27 de março de 2013

SHORT TIPS: Digestão virtual de DNA

Muitos métodos de clonagem que dispensam o uso de enzimas de restrição já surgiram, mas estas enzimas ainda estão longe de sair de moda. Mesmo porque elas não servem apenas para isso.

Existem várias ferramentas online para verificar quais sítios de restrição estão presentes em uma dada sequência de DNA.

O Webcutter  tem uma interface bem simples e poucos recursos, mas faz bem o básico e tem o diferencial de ter a opção de buscar na sequência analisada por regiões que possam originar um determinado sítio de restrição através de mutagenese. (Apesar de ser o mais simples, é o único com um logo legal!)

Já o  RestrictionMapper além de criar o mapa de restrição da sua sequência, ou seja, apontar todos os sítios de restrição que ocorrem nela, também permite fazer uma digestão virtual do DNA. Você coloca a sua sequencia de DNA, escolhe que enzimas quer "usar" e o programa te mostra quais os fragmentos serão gerados a partir desta digestão simulada.

Mas o meu preferido é o NEBcutter. Ele gera uma representação gráfica do mapa de restrição da sua sequência e ainda permite que você dê zoom em uma região particular e, por fim, você pode baixar um relatório com todos as enzimas que cortam sua sequencia, ou somente aqueles que cortam 1, 2 ou 3 vezes ou mesmo nenhuma, afinal esta informação muitas vezes também é bem importante! Mas o mais legal de tudo é que, assim como RestrictionMapper, o NEBcutter também faz digestão virtual ("custom digestion"), mas ele ainda gera uma imagem de como deverá ser o gel de agarose do resultado esperado da sua digestão! Você pode escolher a concentração de agarose e o padrão de tamanho de fragmento a ser utilizado. Bem legal, não? Mas mais do que isso, uma mão na roda!